化学方法及其理论（即化学方法论）从一个方面把化学科学和马克思主义哲学相关联。这在一定意义上说，是马克思主义哲学（其核心是唯物辩证法）在化学研究领域的具体运用或具体表现形式。这主要是因为马克思主义哲学往往需要通过化学方法的途径才能有效地在化学领域发挥作用，并且自身也从中获取活力而得到发展。例如，恩格斯早在一个世纪前就依据唯物辩证法的原理和当时有机化学发展的状况，作出了“只要把蛋白质的化学成分弄清楚，化学就能着手制造活的蛋白质”①和“生命起源必然是通过化学的途径实现的”②预言，从而为生命化学的研究提供了有力的指导，并为辩证唯物主义的生命观提供了思想基础。然而，这也只能在100多年后的今天，依靠现代化学的实验方法和理论方法才可能把这种哲学预言变为现实。特别是现在，随着运用现代化学方法对蛋白质和核酸等生物大分子合成的初步成功以及由此展现出的“合成生命”的诱人前景③，就进一步丰富和发展了唯物辩证法的思想内容。
     此外，由于唯物辩证法和化学方法两者之间还存在着普遍和特殊的关系。因此，对特殊的化学方法的概括和综合，也可以丰富具有普遍意义的唯物辩证法，发展马克思主义哲学。例如，研究化学家如何具体运用化学方法获得化学感性知识以及认识化学规律的过程，就可以丰富马克思主义哲学认识论；研究化学的归纳与演绎、分析与综合、抽象与具体、历史与逻辑等化学思维方法的关系，就可以有助于发展马克思主义的辩证逻辑；研究化学发现中的灵感、想象、直觉及机遇等非逻辑思维方法，就会丰富唯物辩证法的必然性与偶然性等范畴。总之，马克思主义哲学需要从化学方法中不断吸取新的养料和作出新的概括，从而能够进一步持续地保持旺盛的生命力，得到不断发展。可以看出，发挥化学方法在联结化学科学和马克思主义哲学之间的这种纽带作用，无论对于增强马克思主义哲学的活力和完善化学工作者的思维方式都是十分有益的。现代化学的发展越来越趋向于综合，并正在向着理论的广度与深度进军。在这种化学发展形势的背景下，增强和发挥化学方法的这种纽带职能就更加具有现实意义，特别是有助于建立马克思主义哲学家和化学家之间的联盟，加强马克思主义哲学和化学科学之间的关联与互补。