微生物不是总在为我们做好事，正像它可以引起令人恐惧的传染病一样，它也在毁坏庄稼，杀死牲畜，使人们遭受重大损失。农作物和树木也常常生病。这些病往往是由细菌、病毒和真菌等微生物引起的。1845年前后，一种由霉菌导致的马铃薯晚疫病在欧洲大泛滥。这种病以飞快的速度传播着，使欧洲 5／6 的马铃薯被毁坏。那时欧洲人以马铃薯为主要粮食，马铃薯晚疫病致使北爱尔兰的800万居民处于饥荒之中，100 万人被饿死，或因身体虚弱生病而死。1879年，葡萄霜霉病在法国的葡萄园中大流行，这也是由霉菌引起的病害，它严重毁坏了法国各地的葡萄园，使誉满世界的法国的葡萄酒酿造业一度陷于停顿。
     现在，人们战胜和控制植物病害的方法已经很多，但它们给人们造成的损失仍然很大。据联合国粮农组织估计，全世界粮食产量因各种危害造成的损失约占总产量的1／3，病害是其中的主要危害。真菌是植物病害的主犯，可引起庄稼、树木等植物生病的真菌有 8000多种。小麦的病害，有80％以上是由真菌引起的。其次是病毒，像烟草花叶病、苹果锈果病，都是由它们引起的。细菌中有300多种可引起植物生病。例如，使白菜的叶子腐烂变质的软腐病的祸首就是细菌。治疗植物病害常用的方法，是喷洒各种化学农药，这种方法也有弊端，即给环境造成很大的污染。使用微生物农药和培育优良的抗病品种的植物，是应该注意研究和推广的方法。由于现代生物技术的发展，在这方面已有了突飞猛进的发展。农畜和家禽的瘟疫，能使成千上万的牲畜和家禽死去，给农牧业造成惨重的损失。炭疽病是危害牛、马和羊等家畜的一种传染病。病畜发高烧，呼吸困难，血液发黑，常常来不及医治就死去。
     这种病在19世纪的欧洲很猖獗，往往人们也被传染患病。德国著名的细菌学家科赫（1843～1910），就是从深入研究这种病开始了他与病菌斗争的生涯。这种疾病是由一种叫做炭疽杆菌的细菌引起的。它的芽孢相当顽强，在土壤里能活10～20年，即使在100℃的水中煮，也要连续煮3小时才能杀死它。患病牲畜的血液和组织中含有大量的病菌，病畜死后，病菌芽孢就生活在土壤里，其他健康牲畜吃草时很容易把病菌带入体内，引起疾病。现在，已经有了炭疽病的疫苗给牲畜接种、预防，也可以用抗生素药物治疗。其他像口蹄疫、马传染性贫血等由病毒引起的疾病，都给畜牧业造成了一定的危害。应用现代生物技术已经能够快速地诊断出许多家畜和家禽的传染病，并生产出越来越多的疫苗预防传染病的发生。这些都为畜牧业和饲养业的发展提供了有力的保障。