微生物广泛存在于自然界，如果对生产药物的原料，药物制剂的生产过程管理不严，都有可能被微生物污染。另外，对药物保存不当，微生物遇到适宜条件，就会生长繁殖，使药物变质、失效或引起不良反应。微生物污染引起药物变质，主要是使药物物理、化学性质发生改变，这种改变主要取决于药物本身的化学结构、物理性质及微生物污染程度等。微生物降解能力具有多样性，因此几乎所有的有机物在一定条件下，都可能被微生物作用而发生化学变化。药物受微生物侵袭，一般当微生物大量繁殖后，才会出现明显变化。首先表现在药物表面上，例如在液体药物表面上出现膜状物，有的还产生泥土味。如固体药物则在表面上出现斑点或丝状物等，这些都是微生物生长的早期标志。如果微生物分解后产生一些脂肪酸，硫化氢、酮类、胺类或其他代谢物，则会有特殊的恶臭。
     此外还可以见到有菌团或沉淀物甚至改变颜色。如若是糖浆制剂可形成聚合的粘丝，乳制剂经分解后分离成两层。其中若有致病菌污染，不仅失去了疗效，而且会引起病人继发感染，甚至危及生命。尤其对眼、耳的用药及注射剂更需注意。为了保证药物不受致病菌及大量微生物的污染，从而提高药物的稳定性，除了在药物生产过程中注意环境卫生和对原材料设备以及操作人员的严格管理外，我们在用药过程中还要合理的存放药物，若存放不妥，也会使药物被微生物污染或使微生物数量增多，引起药物分解变质。合理存放就是要根据不同药物，采用不同存放方法。有些药物必须冷藏，如某些活菌苗；有些药物需保存于干燥处，如片剂及中药，尤其在梅雨季节更需要注意相对湿度。此外，任何药物制剂在保存时，都要避免过高的温度。反之，就会增加微生物的生长繁殖机会，好在一般药物出厂后，都有说明和保存要求，我们应当严格照办。