化学研究依赖化学实践以取得自己的实证材料，化学学科的科学性建立在化学实验科学性的基础上。实验的兴起和应用保证了化学研究建立在客观的基础之上。然而实验方法也同样具有局限性。实验方法与单纯的自然观察的区别就在于后者是在对自然现象不加控制的情况下进行考察，而前者则需要程度不同地给对象以扰动，在人为的有利条件下进行观察。科学研究是主体从客体的活动中获取经验材料的过程，必须尊重客体的客观性。实验方法虽然具有简化和纯化实验对象以更好发挥主体作用的优点，但毕竟是以影响客体的自然状态为代价的。实验，对化学家来说，是排除干扰以求得明晰结论的活动，而本身却又恰恰是意味着对实验对象的干扰。化学客体作为实验对象的存在也就意味着要改变它的活动状态，因而被研究的对象从来就不是以自然的（纯粹客观的）状态呈现于主体的。对象呈现于主体的方式取决于主体对于它的作用方式。
     这个问题又可以从两个方面进行考虑：首先，由于理论对观察的渗透，因而绝对客观的实验报告是不存在的。背景理论在实验开始之前就已经发挥着作用了；其次，化学实验中仪器测量的可靠性建立在物理理论的基础之上，量子力学的测不准原理已经对旧的测量客观性信念构成了冲击，提出了主客体不可分的问题。主体因素对于实验的强烈影响，改变了人们对化学实验客观性的认识，然而这并不意味着我们只能采取彻底经验主义的立场，进而否认客观对象的存在或走向不可知论。无论怎样理解主观性，化学实验毕竟是以客观化学物的存在为前提的。就化学实验本身来说，本来无所谓是非，问题在于人们怎样理解和分析，从而建立正确的化学世界图景。因此，人的主体性在化学研究中的作用不应当仅仅被看成是认识的局限。相反，也是人的认识能动性的一个重要表现，是人类能够不断突破陈见的束缚，不断取得进步的自然基础。