1913 年，玻尔回到祖国丹麦，担任哥本哈根大学物理学教授。三月，他把论文寄给卢瑟福，经过多次修改，经卢瑟福推荐，玻尔的论文在《哲学杂志》上发表了。玻尔的这一研究成果，震动了学术界。人们把这种原子模型称为“卢瑟福——玻尔模型”。玻尔因此于1922 年获得诺贝尔物理学奖。

1931 年9 月，玻尔已经是哥本哈根大学理论物理研究所所长，他邀请老师卢瑟福到丹麦讲学。在丹麦科学家欢迎卢瑟福的晚宴上，玻尔致了热情洋溢的欢迎词，他说：“卢瑟福教授无视一切清规戒律，没有媚上欺下的势利眼。他最乐于关心年轻学生，他倾听年轻学生的意见，就像倾听一个公认的科学权威意见一样。”

1933 年，英国皇家学会的一个新实验室——蒙德实验室落成了，物理学家卡皮查请来英国艺术家，让他雕塑三个像：一个是出资兴建实验室的蒙德先生的像，另一个是卢瑟福的像，还有一个是一条鳄鱼的像。

有人好奇地问：“为什么要雕一条鳄鱼的像呢？”

卡皮查解释说：“鳄鱼象征着科学。鳄鱼是一种从不向后看的动物，像科学一样，它张开吞食一切的大口，不断前进。”接着补充道：“鳄鱼代表一家之父，极为关心后代……”他请艺术家雕塑鳄鱼的像，是为了充分体现卢瑟福在科学研究上勇往直前的坚强性格和呕心沥血关心后辈的精神。

1937 年10 月17 日，卢瑟福逝世的噩耗传到丹麦，玻尔悲痛欲绝地说：“欧内斯特·卢瑟福对我来说，几乎是我的第二个父亲。”为了纪念这位伟大的老师，玻尔给自己最小的儿子起名为“欧内斯特”。