化学研究中主客体关系的特点表现在主客体相互作用方式的特殊性，是研究主体借助于化学概念范畴等来把握化学对象的特性和规律，并通过严密的化学实验方法来发现和验证新的特性和规律。人的认识活动总是以认识对象的客观存在为前提的。这一前提客观上限定了人类认识的范围和内容。另一方面，人的感知活动又有很大的选择性与定向性，从感性材料的取舍，到理性认识对客体的加工抽象，无不受到主体自身诸规定性（观点、方法、背景知识）的影响，无不受到其心理生理状态的制约。同样的化学现象——金属的煅烧，在燃素论者和氧化论者的头脑中呈现出迥然相异的心理映象。从实践的观点看，必须承认主体和客体是相互创造、相互制约和相互转化的。马克思说：“生产不仅为主体生产对象，而且也为对象生产主体。”①主体和客体是在实践过程中相互创造、共同发展的。化学研究的进展不断地把人类前所未知的物质形态（包括人造物）纳入研究范围之中。
     对于这些新的客体的深入研究又改变了化学研究主体的知识结构、认识能力和智力发展的水平，从而造就着一代新的化学研究主体。化学客体的日益复杂化迫使人们发明和应用化学研究的工具系统以弥补其自身认识器官之不足。观测仪、动力机、智能机的纷纷出现，提高和扩大了思维器官的效能，使人类化学实践的水平进入到了更高的层次。化学研究中的主体和客体又是相互制约的，化学研究的客体并不是纯粹的自然物，客体之为客体本身，有赖于主体的选择和认识的水平。主体使用各种仪器设备作用于自然对象，依据客体的本质属性及其规律进一步发展和利用它，使之朝向有利于主体的方向。人类化学研究的目的首先在于为人类的生存和发展提供理论和物质的手段。总之，在认识过程和认识目的两方面，都存在着主体对客体的制约。另一方面，研究主体能动性的发挥又是非常有限的。人的全部活动都是在一定的具体环境下进行的，既受客体本身的本质与规律暴露程度的限制，又受特定时代的物质条件的制约，从而其作用的发挥受到很大的限制。这就是客体对主体的制约。