化学研究中主体和客体的关系具有两个重要方面，即实践关系和认识关系。主体和客体的关系首先表现为实践的关系，即化学研究主体在现实中掌握和改造化学客体的活动。从化学史看，早在化学作为一门独立的学科出现以前，人类已经在今天所说的化学领域内从事实践活动了（例如火的获取和控制、制陶术、炼金术等），化学学科本身就是从这种实践活动中历经人类千百年的经验总结和理论概括发展而来的。从化学认识成果的确立看，最有说服力的无过于它在化学实践中所取得的成就。从化学发展的动力看，是化学家的化学实验和社会对于化工生产实践的理论指导的需求，二者共同推动着人类化学知识的发展。主客体关系的第二方面是认识关系，体现为化学研究主体在观念中把握和反映化学物质客体的活动。这种反映不是机械的、直观的，而是必须经过化学理论对化学物质客体的建构作用。作为主体工具的化学观念是从化学客体中获得其客观内容的。这种把握必然是思维意识中的把握，因而是能动的反映。观念把握对象需要借助于实践的感性具体的活动提供材料，而观念与对象是否同一也有赖于实践的判定，因而化学研究主体对客体的认识关系最终也是以实践关系为基础的。在某种意义上，可以说实践关系包含了认识关系。当然，化学认识的成果一旦确立又可以转而指导人们的化学实践活动，并发挥巨大的作用。因此，只有在化学实践中才能正确认识化学研究主体与客体之间的关系。