化学研究中主体和客体之间相互作用的过程，也就是两者相互转化的过程。研究主体向客体的转化，表现为研究主体所制订的实验方案的实施，设计线路的实现，人工产品的合成等等。这些都是化学研究主体精神力量的现实化，而它们一旦成为现实就进入了同主体相对立的对象世界。同一过程中也包含了化学客体向主体的转化。首先是化学客体的观念化，即化学客体内化成为化学家头脑中的内部结构，成为主体系统的一部分。原子与分子是存在于自然界中的化学粒子，然而经过化学理论的建构作用完成了从客体向主体转化后呈现于人的头脑之中的，已经是观念化的原子和分子了。这种观念化的成果又成为进一步研究化学对象的基础，成为掌握纷繁复杂化学现象的有力手段。同样，我们也可以将化学实验仪器设备理解为化学客体向主体转化凝结为物的形态。此外，在具体的研究过程中，在主客体频繁的相互作用中，主体和客体的界限常常被打破，主体系统中的精神和物质要素都可能作为主体的对象而成为研究客体，因而主客体的界限只具有相对的意义。这显示了两者之间关系中统一的一面。前面讲过，主客体的关系首先表现为实践关系，主体和客体既在化学实践中分化，又在化学实践中统一。