化学研究中的主客体关系并不是凝固僵化的。它是生成的并且仍然处于不断变化的发展之中的。人类有目的的社会性实践活动的历史就是主客体不断分化的历史。在这一分化过程中产生了关于化学物质客体的研究和认识。主体一旦意识到化学物质客体的存在，便开始了主体对化学客体的认识过程，同时主体也就成了主体。这是人类克服自身的局限（借助于各种认识手段）使客观物质对象为我所用的过程。这是化学物质世界的图象日渐清晰并为人们所把握的过程，也是一个化学研究主体逐渐独立和日益强烈地意识到自身的过程。无论是化学研究中主体系统和客体系统的构成，还是化学研究中主体和客体之间的相互作用方式，在不同的历史阶段中都呈现出极大的差异。当化学还未从哲学和医学中独立出来的时候，化学研究的对象只是零散的化学物质及其转化特性等，相应的研究主体也就是自然哲学家、炼金术士、药剂师等等。当时对化学对象的理论认识是十分幼稚和模糊不清的。
     虽然进行了大量的试验，然而由于没有科学的研究方法，给后人留下的只是卷帙浩繁、混乱不堪而又晦涩难懂的“天书”。只有当化学借波义耳之手宣告自己成为一门独立的学科，在斯塔尔提出的那个虽然错误然而颇能自圆其说并系统地解释了当时所知道的化学现象的理论——燃素说为人们普遍接受之后，化学研究的主体才逐渐地开始由哲学家、药剂师转为专业的化学家，并在他们中很快涌现出像拉瓦锡这样的杰出人物。专业化学家集团的出现和发展形成了化学研究的主体。同时，意识到自身的化学也相应地发展起来一套独特的化学概念系统作为把握化学对象的工具。新的实验室建立了，新的严格的实验操作程序引入了化学研究，从而形成了完整的化学研究主体系统。随着研究的深入，化学客体系统也逐渐建立起来，并日益丰富扩展。从原子、分子到一系列新的物质不连续形式的发现，还有大量人造物（如高分子材料）的合成，形成了化学研究独特的对象系统。当历史的发展使化学同物理学和生物学的研究对象趋于接近时，化学家又同物理学家和生物学家携手，并在各自的学科交叉处发展新的学科——物理化学、生物化学。
     这一方面丰富了化学研究的主体系统，另一方面又极大地扩展了化学研究对象的范围。得益于主客体之间积极的相互作用，人类的化学知识和化学实践的成果以惊人的速度增长着。这是客观对象世界对化学研究主体无限展开其自身丰富性的过程，是主客体相互作用共同发展的过程。主体认识能力、实践能力的提高和完善，为自己造就着日益广泛的研究领域。客体系统的充实和扩大反过来又造就着结构更合理、效能更高的主体系统。这是一个在人类不间断的化学实践中无限发展的过程。人类认识能力的不断提高是以其认识手段的不断进化为标志的。大规模化学实验室的建立，现代化观测仪器的装备，大型电子计算机的普遍使用，标志着化学研究中主客体作用方式的飞跃发展，同时也使得化学研究中主客体之间的关系愈益复杂和深化。